สถาบันร่วมผลิตแพทย์ กรมการแพทย์-มหาวิทยาลัยรังสิต เริ่มโครงการก่อตั้งขึ้นนับตั้งแต่ปี 2531 เมื่อครั้งมหาวิทยาลัยรังสิตซึ่งขณะนั้นยังเป็นวิทยาลัยรังสิต (ต่อมาได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยรังสิตในปี 2533) ได้รับการอนุมัติจากทบวงมหาวิทยาลัยให้เปิดดำเนินการหลักสูตรแพทยศาสตรบัณฑิตในปีการศึกษา 2532 และได้มีหนังสือถึงสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ขอความร่วมมือให้นักศึกษาสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพ เข้าฝึกปฏิบัติงาน ณ โรงพยาบาลในสังกัดกรมการแพทย์ ซึ่งในเบื้องต้น สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุขได้เห็นชอบและมอบหมายให้กรมการแพทย์โดยโรงพยาบาลราชวิถีและโรงพยาบาลเด็ก (ปัจจุบันคือสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี) เตรียมพร้อมให้ความร่วมมือในการฝึกอบรมนักศึกษาแพทย์จากมหาวิทยาลัยรังสิต
ในปี พ.ศ. 2535 เมื่อแรกเริ่มมีการเรียนการสอนในภาคคลินิก นพ.ไพโรจน์ นิงสานนท์ ปลัดกระทรวงสาธารณสุข และ นพ.สุจินต์ ผลากรกุล อธิบดีกรมการแพทย์ ในขณะนั้น ได้มีแนวคิดในการจัดตั้งหน่วยงานเพื่อจัดการประสานความมือระหว่างภาครัฐและเอกชนในการผลิตแพทย์ตามรูปแบบแนวคิดการผลิตแพทย์ของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด ซึ่งเป็นโรงเรียนแพทย์เอกชนที่ร่วมมือในการผลิตแพทย์กับภาครัฐ